精神を病んだ犯罪者を収容する島で、一人の女が消えた。完全密室からの蒸発、残された暗号、そして疑惑の実験。この島は何かがおかしい…。あなたの脳を刺激する、謎解きミステリー日本上陸！
 
精神を病んだ犯罪者を収容する絶海の孤島「シャッターアイランド」。鍵のかかった病室から誰にもみられずに、一人の女性患者が 消えたー。
連邦保安官のテディは、自ら志願し相棒のチャックとともに、その閉ざされた島へと足を踏み入れる。しかし、彼には島にむかうもうひとつの重要な目的があった。妻を殺した放火魔レディスが、この島の病院に収容されていることを知り、彼を捜し出し復讐を考えていたのだ。しかし、何かを隠そうとする職員たちに捜査を阻まれ、放火魔はおろか消えた女性患者の手がかりさえつかめない。この島は何かがおかしい・・・。
残された暗号、同じ証言を繰り返す職員たち、そして女性患者と時を同じくして消えた天才医師、極秘裏に行われているという謎の人体実験。
暗号を頼りに真実へと近づくテディ。しかし知れば知るほど謎が深まり、解けば解くほど疑惑が溢れた。自ら志願して来たはずだったが、実は誰かに呼び寄せられたのかもしれない・・・。全ての謎を解くまで、この島からでることはできない。